Плагин java-checkstyle-plugin производит проверку не только в директории src, потому что он предназначен для проверки стилевых и синтаксических правил кода в проекте в целом, включая все директории и файлы. Это позволяет обнаруживать потенциальные проблемы и нарушения стандартов кодирования в любой части проекта.
По поводу проблемы с FileCheckSet и генерацией файлов mapstruct, возможно, вам потребуется настроить ваш конфигурационный файл java-checkstyle-plugin таким образом, чтобы исключить директории или файлы, связанные с генерацией файлов mapstruct, из проверки.
Один из вариантов решения может быть использование фильтра в вашем конфигурационном файле, чтобы исключить определенные директории или файлы. Например, вы можете добавить следующий фильтр в ваш файл конфигурации:
```xml
<module name="Checker">
<module name="FileTabCharacter">
<property name="eachLine" value="true"/>
<property name="ignoreGeneratedFiles" value="true"/>
</module>
...
</module>
```
В этом примере фильтр ignoreGeneratedFiles исключает проверку для сгенерированных файлов. Вы можете настроить фильтр по своему усмотрению, чтобы исключить конкретные директории или файлы, связанные с генерацией файлов mapstruct.
Надеюсь, это поможет вам решить вашу проблему.