Перенаправление на основной сайт после получения сертификата Let's Encrypt для поддомена может происходить из-за неправильной конфигурации веб-сервера или настроек DNS.
Для того чтобы получить два отдельных сертификата для основного домена и его поддомена, вы можете использовать следующие шаги:
1. Убедитесь, что у вас есть отдельные записи DNS для основного домена (site-site.site) и его поддомена (admin.site-site.site), которые указывают на нужные IP-адреса сервера.
2. Настройте веб-сервер для обрабатывания каждого домена отдельно. Например, если вы используете сервер Apache, добавьте отдельные виртуальные хосты для основного домена и его поддомена в конфигурационный файл httpd.conf или в отдельные файлы в директории vhosts.
3. При конфигурации каждого виртуального хоста, укажите пути к SSL-сертификатам для каждого домена. Для основного домена укажите путь к сертификату для site-site.site, а для поддомена - путь к сертификату для admin.site-site.site.
4. Запустите процедуру получения сертификатов Let's Encrypt для каждого домена отдельно. Для этого вы можете использовать инструмент certbot, который автоматически выполняет необходимые шаги для получения и установки сертификатов.
Надеюсь, это поможет вам получить два отдельных сертификата для основного домена и его поддомена.