Вы можете добавить пустую строку между различными сериями элементов в списке следующим образом:
```python
lst = []
while True:
item = input('Введите 6-значное число: ')
lst.append(int(item))
if len(item) != 6:
break
lst.pop()
lst.sort()
result = ''
for i in range(len(lst)):
result += str(lst[i]) + ' '
if i < len(lst) - 1 and str(lst[i])[:3] == str(lst[i+1])[:3]: # проверка, если первые три цифры у текущего числа равны первым трем цифрам следующего числа
result += '\n' # добавление пустой строки
print(result)
```
Вы должны вводить числа по одному, пока не введете число, не являющееся 6-значным. Затем из списка удаляется последний элемент (так как он используется для проверки выхода из цикла), происходит сортировка списка и выводится список с пустой строкой между различными сериями чисел.