Причины некорректной работы фильтра в Bitrix могут быть разными:
1. Неправильно определенные условия фильтрации. Проверьте правильность синтаксиса и условий фильтра, убедитесь, что они соответствуют требованиям и ожиданиям.
2. Неправильно определенные свойства элементов, по которым осуществляется фильтрация. Убедитесь, что свойства товаров имеют корректные значения и не содержат нежелательных значений.
3. Неправильно настроенные настройки фильтрации в самом Битриксе. Проверьте настройки компонента или модуля, через который осуществляется фильтрация, убедитесь, что все параметры указаны правильно и соответствуют ожиданиям.
Чтобы изменить фильтр таким образом, чтобы товары со значениями "0" или NULL не отображались, можно использовать следующий фильтр:
```php
$arFilter = array(
"PROPERTY_CODE" => array("0", false),
);
```
В этом примере используется фильтрация по свойству "PROPERTY_CODE", и исключаются товары с значениями "0" и NULL. Если у вас есть другие свойства или условия фильтрации, просто добавьте их в массив $arFilter в соответствии с требуемыми условиями.