Для того чтобы сохранить папки при загрузке проекта на GitHub, вам необходимо следовать нескольким шагам:
1. Создайте локальный репозиторий Git для вашего проекта. В командной строке перейдите в корневую папку проекта и выполните команду `git init`, чтобы инициализировать локальный репозиторий.
2. Добавьте все файлы и папки проекта в индекс Git с помощью команды `git add .`. Это добавит все файлы и папки в текущей директории и всех поддиректориях.
3. Выполните команду `git commit -m "Initial commit"`, чтобы зафиксировать все изменения и создать первый коммит.
4. Создайте удаленный репозиторий на GitHub. Зайдите на GitHub, войдите в свой аккаунт, нажмите на "+" в верхнем правом углу и выберите "New repository". Дайте репозиторию имя, установите приватность/публичность, и нажмите "Create repository".
5. Добавьте удаленный репозиторий Git в свой локальный репозиторий с помощью команды `git remote add origin <URL удаленного репозитория>`. Замените `<URL удаленного репозитория>` на URL вашего удаленного репозитория Git.
6. Загрузите проект на GitHub с помощью команды `git push -u origin master`. Эта команда отправит все коммиты из вашего локального репозитория на удаленный репозиторий.
После выполнения этих шагов, все файлы и папки вашего проекта должны сохраниться на GitHub.