Для исключения отдельной метки (локейшна) из конфигурации "location ~ (/\.| ...) { deny all; }" вы можете использовать модификатор "!~", который исключает совпадение регулярного выражения.
Таким образом, вы можете создать новую конфигурацию, которая позволит доступ к локейшну "/.qwerty/", не нарушая остальную конфигурацию. Например:
location ~ ^/\.qwerty/ {
allow all;
}
location ~ (/\.| ...) {
deny all;
}
Это позволит доступиться к локейшну "/.qwerty/", но запретит доступ ко всем остальным локейшнам, соответствующим регулярному выражению "(/\.| ...)".