Что означает, когда прототип вложен дополнительно?

Когда прототип вложен дополнительно, это означает, что объект содержит другой объект в качестве своего прототипа.

Значение "obj.[[Prototype]]" представляет собой внутреннюю ссылку на объект, который является прототипом для данного объекта "obj". В JavaScript прототипное наследование реализуется с помощью этой ссылки. Когда у объекта вызывается свойство или метод, которого он сам не имеет, оно ищется в его прототипе, затем в прототипе прототипа и так далее до тех пор, пока не будет найдено нужное свойство или объект достигнет вершины цепочки прототипов.

Визуальное вложение в консоли создается по причине того, что в большинстве браузеров объекты, которые имеют общего прототипа, отображаются в консоли вложенными. Это делается для наглядной иерархии объектов и их связей друг с другом.

obj.__proto__.__proto__ равен null — это нормально. Вероятно, так отображается в браузерной консоли.

[[Prototype]] - это свойство, которое содержит ссылку на прототип объекта. В самом "внешнем" прототипе, который равен Object.prototype, найдено свойство __proto__ (не поле, а свойство), которое определено для объекта obj и возвращает его прототип.

Если выполнить obj.__proto__ = {b:2} и снова посмотреть на obj в консоли, тогда станет понятно, о чем я говорю.