При выполнении операции ALTER TABLE MySQL создает временную таблицу с новой структурой, копирует данные из старой таблицы в новую и затем выполняет переименование новой таблицы в старую. Весь этот процесс выполняется на месте, где находится база данных MySQL, то есть на диске, указанном в конфигурации MySQL.
Хотя данные MySQL могут находиться на отдельном диске, операция ALTER TABLE все равно использует основной диск, потому что MySQL сохраняет временные файлы на диске, на котором находится база данных. Это связано с тем, что создание временной таблицы и копирование данных в нее требует операций ввода-вывода, которые производятся непосредственно на диске.
Поэтому, если при выполнении операции ALTER TABLE на таблице размером в 18 ГБ используется системный диск, это означает, что временные файлы этой операции сохраняются на диске, на котором расположена база данных MySQL.