Миграции применяются к схеме базы данных, а не к данным. Однако, есть одно исключение - если у вас уже есть первая версия в production, которая содержит данные, то внимательно относитесь к миграциям. При любых изменениях следите за тем, чтобы не попало что-то нежелательное в базу данных. Иногда бывает так, что на локальной машине вы удаляете что-то в предыдущей задаче, но миграция еще не применена. В таком случае Symfony создаст новую миграцию, и это может вызвать ошибки. Если вы добавляете обязательное поле, не забудьте задать значение по умолчанию. Старайтесь не откатывать миграцию, а лучше создайте новую. Если вам нужно мигрировать данные, вы можете использовать SQL-запросы или Console Command.