Для исключения папки при передаче файлов с помощью команды scp можно использовать параметр --exclude. Например, чтобы исключить папку node_modules, команда будет выглядеть следующим образом:
scp -r --exclude='node_modules' исходный_файл/папка пользователь@хост:путь/назначения
Однако, причина, почему параметр --exclude не работает в вашем случае, может быть связана с неправильным синтаксисом или несовместимостью среды выполнения. Возможно, параметр --exclude не поддерживается в вашей версии scp или он может быть интерпретирован неверно.
Рекомендую проверить синтаксис использования параметра --exclude и убедиться, что он поддерживается в вашей версии scp. Также стоит убедиться, что вы используете правильные одинарные или двойные кавычки вокруг имени исключаемой папки.