К сожалению, Telegraf не предоставляет возможности удалить все сообщения из очереди после перезапуска бота. При перезапуске бота Telegraf автоматически подключается к API Telegram и начинает получать новые сообщения, но уже пропущенные или недоставленные сообщения не удаляются из очереди. Если вы хотите удалить все сообщения из очереди, вам, вероятно, потребуется хранить информацию о обработанных и неподтвержденных сообщениях где-то в своем приложении и использовать это для удаления сообщений из очереди.