Проблема, скорее всего, заключается в том, что ваш .bat файл выполняет команды последовательно и сразу переходит к следующей команде после выполнения предыдущей. Для решения этой проблемы можно использовать команду `start` перед каждой командой SSH. Это позволит выполнять команды параллельно.
Вот пример .bat скрипта, который подключается к удаленному серверу по SSH и выполняет PHP-файл:
```
@echo off
start ssh user@hostname "php /path/to/file.php"
```
Не забудьте заменить `user`, `hostname` и `/path/to/file.php` на соответствующие значения для вашего сервера и PHP-файла.
Сохраните этот скрипт как `connect_and_execute.bat` (или любое другое имя с расширением .bat) и запустите его. Это должно запустить команду подключения по SSH и выполнения PHP-файла параллельно.
Если у вас есть несколько команд, которые должны выполняться последовательно, вы можете использовать `&&` между ними:
```
@echo off
start ssh user@hostname "command1" && start ssh user@hostname "command2"
```
Надеюсь, это поможет вам решить вашу проблему.