Проблемы с применением отрицания в файле .htaccess могут возникать по нескольким причинам:
1. Неправильное использование синтаксиса: проверьте, что вы правильно используете символ отрицания "!". Он должен быть расположен перед условием, которое вы хотите отрицать. Например:
```
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/admin
```
2. Неправильное местоположение правил: если у вас есть другие правила перенаправления в файле .htaccess, убедитесь, что правило с отрицанием находится перед остальными правилами. Если правила перенаправления неверно упорядочены, это может привести к неправильной обработке запросов.
Чтобы изменить это правило так, чтобы оно не выполнялось в административной части Битрикса, можно добавить дополнительное условие, которое будет проверять путь к файлу или каталогу:
```
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/bitrix/admin
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/bitrix/tools
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/bitrix/urlrewrite.php
```
Таким образом, правило отрицания не будет применяться для любых запросов, начинающихся с путей "/bitrix/admin", "/bitrix/tools" и "/bitrix/urlrewrite.php".
Обратите внимание, что это пример и пути могут отличаться в зависимости от конкретного веб-приложения на Битриксе. Проверьте структуру каталогов вашего проекта и административной панели для определения правильных путей.