Выбор подхода зависит от характера данных и требований к модели.
Если данные имеют фиксированное количество объектов N и количество объектов не меняется от примера к примеру, можно использовать Padding. В этом случае все значения x и y могут быть представлены в виде двух отдельных матриц размерности N x max(N). Дополнительные входы будут заполнены нулями.
Если объекты имеют разное количество параметров или количество объектов неизвестно, то использование фиксированного усредненного вектора может быть более удобным подходом. В этом случае все x и y значения можно объединить в один вектор размерности 2N. Значения x и y будут располагаться в соседних ячейках вектора.
Если объекты имеют определенное пространственное распределение, то разбиение на квадраты или использование лучей может быть предпочтительным. При разбиении на квадраты плоскость делится на множество квадратных областей, и параметры всех объектов, попавших в каждую область, могут быть усреднены. При использовании лучей объекты классифицируются в зависимости от их попадания в определенный луч, и параметры пересекающих луч объектов передаются на вход нейросети.
Если объекты имеют зависимость от времени, то их можно разделить на временные интервалы и использовать Timedistributed Wrapper в TensorFlow, чтобы передать данные в нейросеть для каждого интервала времени.
В общем случае, для выбора оптимального метода необходимо провести исследование данных и оценить, какой подход лучше соответствует особенностям задачи и требованиям к модели.